HerzMahnJa hat eine lange und bewegte Geschichte. Der Gedanke und die Tätigkeiten im Sinne des Gemeinwohls bestehen seit 1996. 2007 wurde ein Verein gegründet und 2009 wurden Räumlichkeiten in Berlin Kreuzberg bezogen, um dort ehrenamtlich die mildtätigen und gemeinnützigen Ziele zu verwirklichen. Seit 2018 ist HerzMahnJa eine Stiftung bürgerlichen Rechts mit Sitz in Berlin.